Idealmente, los productos farmacéuticos deberán tratarse -previa su dimensión- por incineración a alta temperatura (a más de 1.200°C), pero en general, sólo en los países industrializados se cuenta con equipo de incineración con control adecuado de emisiones. El costo de la eliminación de desechos farmacéuticos de esa manera en Croacia y en Bosnia y Herzegovina oscila entre US$2,2/kg y US$4,1/kg, lo que significa que la incineración de las existencias actuales de desechos de productos farmacéuticos de desecho costaría entre US$4,4 millones y US$8,2 millones.