La solution idéale pour éliminer les médicaments est l’incinération à haute température (plus de 1200 °C). Des installations d’incinérations adaptées, dotées de systèmes satisfaisants de dépollution, n’existent presque exclusivement que dans le monde industrialisé. Les évaluations faites du coût de l’élimination par cette méthode des déchets pharmaceutiques en Croatie et en Bosnie-Herzégovine sont de l’ordre de 2,2 à 4,1 dollars/kg. L’incinération du stock actuel de produits non utilisés en Croatie coûterait donc entre 4,4 et 8,2 millions de dollars.