Les transports utilisés pour les matières végétales médicinales en vrac du site de production au site de stockage en vue du traitement devront être nettoyés entre chaque chargement. Les conteneurs utilisés pour le transport en vrac, par exemple sur un navire ou un train, doivent être propres et le cas échéant bien ventilés afin d'éliminer l'humidité et d'empêcher la condensation.

Les matières végétales médicinales issues de la culture biologique doivent être transportées et stockées séparément ou d'une façon telle que leur intégrité soit préservée.

Des mesures de sécurité appropriées devront être appliquées au stockage et au transport des matières végétales médicinales potentiellement toxiques ou vénéneuses.

Si nécessaire et dans la mesure du possible, les matières végétales médicinales fraîches devront être stockées à basse température, de préférence à 2-8 °C; les produits congelés devront être stockés à une température inférieure à -20 °C.

On ne fera de fumigations contre les ravageurs des cultures que si nécessaire, et seules des personnes autorisées ou spécialement formées pourront en être chargées. On utilisera exclusivement les produits chimiques autorisés par l'autorité de réglementation du pays d'origine et du ou des pays où le produit est destiné à être utilisé. Toutes les opérations de fumigation, les fumigants utilisés et les dates des traitements devront être documentés. Si on utilise la congélation ou la vapeur saturée pour détruire les ravageurs, on contrôlera le taux d'humidité des matières après le traitement.