Les plantes médicinales devront être récoltées à la saison ou à l'époque optimales pour assurer la production de matières végétales médicinales et de produits finis de la meilleure qualité possible. Le moment de la récolte dépend de la partie de la plante qui sera utilisée. On peut souvent trouver des détails sur la période de récolte optimale dans les pharmacopées nationales, les normes publiées, les monographies officielles et les ouvrages de référence. Il est cependant bien connu que la teneur en constituants biologiquement actifs varie selon le stade de développement de la plante. Cela vaut également pour les constituants indésirables, toxiques ou vénéneux, de la plante indigène. Le meilleur moment pour la récolte (saison et moment de la journée où la plante est à son maximum de qualité) sera déterminé en fonction de la qualité et de la quantité de constituants biologiquement actifs plutôt que du volume total de la partie de la plante à récolter. Pendant la récolte, on veillera à assurer qu'aucune matière étrangère, mauvaise herbe ou plante toxique n'est mélangée avec les matières végétales médicinales récoltées.

Les plantes médicinales doivent être récoltées dans les meilleures conditions possibles, en évitant la rosée, la pluie ou une humidité excessive. Si la récolte se fait dans des conditions de forte humidité, il faut transporter immédiatement le matériel récolté dans un local de séchage pour accélérer celui-ci et éviter tout effet nocif dû à l'excès d'humidité, qui favorise la fermentation microbienne et le développement de moisissures.

Les dispositifs de coupe, moissonneuses et autres machines devront être tenus propres et seront réglés de façon à ne pas détériorer les plantes et à éviter la contamination par de la terre et autres matières. Ils devront être stockés dans un lieu sec, exempt de contamination et protégé contre les insectes, rongeurs, oiseaux et autres nuisibles, et hors de portée du bétail et des animaux domestiques.

Le contact avec le sol doit être évité dans la mesure du possible de façon à réduire au minimum la charge microbienne des matières végétales médicinales récoltées. Si nécessaire, on pourra étendre sur le sol de grandes pièces de toile, si possible en mousseline propre, pour isoler la récolte. Si on utilise les parties souterraines de la plante (comme les racines), on éliminera aussitôt après la récolte la terre qui y adhère. Une fois récoltées, les matières végétales médicinales brutes doivent être transportées sans délai, en veillant à les conserver propres et au sec. On peut les mettre dans des paniers propres, des sacs secs, une remorque, une trémie ou tout autre contenant bien aéré et les regrouper en un lieu central d'où elles seront transportées vers l'installation de traitement.

Tous les contenants utilisés pour la récolte devront être tenus propres et exempts de contamination par des plantes médicinales provenant d'une précédente récolte et par toute matière étrangère. Si on emploie des récipients en matière plastique, on surveillera toute humidité résiduelle qui pourrait entraîner le développement de moisissures. Lorsqu'ils ne sont pas utilisés, les récipients doivent être gardés au sec, dans un lieu protégé des insectes, rongeurs, oiseaux et autres nuisibles, et hors de portée du bétail et des animaux domestiques.

Il faut éviter tout dommage mécanique ou tassement des matières végétales médicinales brutes, résultant par exemple du remplissage excessif ou de l'empilement des sacs et susceptible d'entraîner une décomposition des matières ou toute autre perte de qualité. Les matières végétales décomposées devront être recherchées et éliminées pendant la récolte, l'inspection après récolte et le traitement, afin d'éviter toute contamination microbienne et toute perte de qualité du produit.