Le sol doit contenir des quantités appropriées d'éléments nutritifs, de matières organiques et d'autres éléments de façon à assurer à la plante un développement et une qualité optimaux. Les conditions pédologiques optimales - type de sol, drainage, rétention de l'humidité, fertilité, pH - seront dictées par l'espèce de plante médicinale choisie et/ou par la partie de la plante que l'on souhaite récolter.

Il est souvent indispensable d'utiliser des engrais pour obtenir des rendements élevés. Il est toutefois nécessaire de s'assurer, grâce à la recherche agronomique, que les types et quantités corrects d'engrais sont utilisés. Dans la pratique, on utilise des engrais organiques et chimiques.

Les excreta humains ne doivent pas être utilisés comme engrais en raison de la présence possible de micro-organismes infectieux et de parasites. Le fumier animal sera soigneusement décomposé de façon à répondre aux normes sanitaires concernant les limites acceptables de contamination microbienne et à détruire le pouvoir germinatif des mauvaises herbes. Tout épandage de fumier animal devra être documenté. On utilisera des engrais chimiques approuvés par les pays où les plantes seront cultivées et où elles seront consommées.

Quels que soient les engrais utilisés, on les appliquera avec parcimonie et en fonction des besoins de la plante médicinale cultivée et de la capacité du sol. L'application devra être réalisée de façon à éviter au maximum le lessivage.

Les cultivateurs devront mettre en œuvre des pratiques qui contribuent à la conservation des sols et réduisent l'érosion, par exemple en créant des zones tampons en bordure des cours d'eau et en plantant des espèces couvrantes et de l'engrais vert (à enfouir lors du labour), par exemple de la luzerne.