L’objectif commun de ces phases est de fournir au moindre coût et de façon continue les médicaments choisis. Certains coûts particuliers ont une forte incidence sur la recherche d’un mode d’organisation: les coûts de transaction (coûts liés aux opérations de vente ou d’achat) ou les coûts de stockage.

D’une part, le recours systématique aux mécanismes de marché permet des prix d’acquisition très bas, mais peut entraîner des coûts de transaction très importants: recherche du fournisseur offrant le meilleur prix, contrôle systématique de la qualité. Le recours aux mécanismes de marché est plus efficace s’il se fait à travers une stratégie de confiance et de coopération plutôt qu’avec des attitudes de défiance. D’autre part, dans une organisation autoritaire, il est très difficile de réunir les renseignements nécessaires pour quantifier les besoins de façon très fine. L’existence de paiements dans le processus d’acquisition-distribution permet de quantifier de façon plus rigoureuse les besoins au niveau périphérique, en faisant porter la contrainte des ressources sur l’aval qui peut disposer plus facilement des informations sur les besoins. Les paiements génèrent des renseignements qui permettent de réguler les quantités dans le circuit physique des médicaments.

La coopération et la confiance entre les agents chargés des différentes phases du circuit du médicament sont tout à fait indispensables pour rendre efficient l’ensemble du circuit d’approvisionnement. On est alors en présence de systèmes hybrides, combinant marché et hiérarchie, par exemple sous forme de réseau (25) qui ont été étudiés jusque là surtout en relation avec la production. L’objectif est alors de construire des réseaux équilibrés où les relations bilatérales entre les différents agents sont avantageuses pour tous et où la coopération et la confiance s’exercent au profit de l’intérêt général des consommateurs.