La organización es centralizada, o concentrada, cuando la adquisición la realiza un número limitado de organismos que distribuyen luego los medicamentos. Por el contrario, una organización descentralizada comprende un gran número de compradores y, en caso extremo, la compra directa a los fabricantes por parte de cada farmacia dispensadora.

La centralización de la adquisición tiene ventajas importantes respecto a la descentralización. La adquisición es una profesión específica que tiene sus objetivos y sus propios conocimientos prácticos. La centralización permite acumular mejor esos conocimientos prácticos específicos y progresar mediante el aprendizaje. Puesto que los costos de transacción son independientes de las cantidades adquiridas, una organización centralizada puede hacer que cantidades más considerables soporten esos costos. La centralización puede no limitarse al nivel nacional: grupos de compras internacionales, organismos internacionales. Los conocimientos prácticos de adquisición tienen que ver con los mercados: conocer a los abastecedores, los consumidores, saber prever las cantidades que se van a consumir, etc. Los conocimientos prácticos también tienen que ver con la transferencia de mercados, el control de la calidad y los medios de transporte. Es sumamente difícil para una pequeña organización, no especializada en la adquisición, tener los conocimientos prácticos necesarios en todos esos campos.

La centralización se justifica mucho más si no se sigue una estrategia de confianza ciega sino estrategias que implican desconfianza o cooperación. Sin embargo, incluso en una estrategia de confianza ciega, la centralización puede ser útil puesto que los servicios descentralizados suelen tener un acceso menos fácil a las redes de comunicación y de transporte internacionales. La organización centralizada de la adquisición también facilita los controles administrativos de la selección, la calidad y los precios, puesto que hay menos puntos que controlar. Por consiguiente, es menos útil en el caso de compras a productores nacionales cuyos precios y calidad están controlados por el Estado: las transacciones con los abastecedores son entonces relativamente simples.

Si el interés de la centralización es evidente, todo el problema consiste en saber si hay que centralizar hasta el monopolio y cuál debe ser el carácter de los organismos de adquisición.