El investigador debe aceptar y firmar el protocolo (u otro documento legalmente aceptable que mencione la conformidad con el protocolo) con el patrocinador, y confirmar por escrito que ha leído y comprende el protocolo y que trabajará conforme a él y a la Buena Práctica Clínica.

El investigador es responsable de asegurar que el protocolo sea observado estrictamente. No debe hacer ninguna modificación en el estudio sin obtener la conformidad del patrocinador, excepto cuando sea necesario para eliminar un evidente riesgo o peligro inmediatos para un sujeto del ensayo. Toda modificación adoptará la forma de una enmienda al protocolo, anexada al protocolo original y firmada por el investigador y el patrocinador. Las enmiendas que pudieran afectar la seguridad de un sujeto o la realización del ensayo clínico deben ser presentadas por escrito al comité de ética (véase la sección 3.2) y el organismo de reglamentación farmacéutica, y puestas en práctica sólo después de haber recibido la aprobación.

El investigador debe tomar todas las medidas que juzgue necesarias para proteger la seguridad del sujeto del ensayo, estén o no especificadas en el protocolo. Toda medida de ese tipo debe ser fundamentada.