El ensayo clínico se realizará conforme a un protocolo escrito acordado y firmado por el investigador y el patrocinador. Todo cambio que posteriormente se requiera debe ser igualmente acordado y firmado por el investigador y el patrocinador y anexado al protocolo como enmienda.

Los protocolos, apéndices y toda otra documentación pertinente deben establecer el propósito del ensayo y los procedimientos que se usarán; las razones para proponer que el ensayo se realice en seres humanos; la naturaleza y el grado de todo riesgo conocido; los grupos en donde se propone seleccionar a los sujetos del ensayo; y los medios para asegurar que esos sujetos están adecuadamente informados antes de otorgar su consentimiento. En el apéndice 2 se indican otros puntos importantes que se incluirán en el protocolo de un ensayo clínico.

El protocolo, los apéndices y otra documentación pertinente deben ser revisados desde el punto de vista científico y ético por uno o más (cuando lo requieran las leyes y disposiciones locales) organismos de revisión (por ejemplo, un consejo de revisión institucional, un comité de revisión integrado por colegas, un comité de ética o el organismo de reglamentación farmacéutica), constituidos apropiadamente para este propósito e independientes de los investigadores y patrocinadores.