El objetivo de este paso es separar los medicamentos en categorías para las cuales se requieren diferentes métodos de desecho. Deberán separarse los fármacos que pueden usarse sin riesgos y devolverse al sistema de suministros farmacéuticos de los que deben ser eliminados por diferentes métodos. Por ejemplo, los medicamentos controlados (por ejemplo, los narcóticos), los medicamentos antineoplásicos y los antibióticos requieren métodos especiales de tratamiento. Es posible que se requiera una inversión considerable en recursos humanos para identificar y separar medicamentos.