El suelo debe contener concentraciones adecuadas de nutrientes, materia orgánica y otros elementos, para garantizar un crecimiento y una calidad óptimos de la planta medicinal. Las condiciones del suelo óptimas -como el tipo de suelo, el drenaje, la retención de agua, la fertilidad y el pH- dependerán de la especie de planta medicinal seleccionada y, en su caso, de la parte de la planta destinada a la producción medicinal.

A menudo, para obtener un rendimiento alto es indispensable aplicar fertilizantes a las plantas medicinales. No obstante, deben realizarse investigaciones agrarias para asegurar que se usan los tipos y las cantidades de fertilizantes correctos. En la práctica, se usan abonos orgánicos y químicos.

No deben usarse excrementos humanos como abono, dado que pueden contener microorganismos o parásitos infecciosos. El estiércol animal debe haber sufrido una descomposición intensa de manera que su carga microbiana no supere los límites aceptables establecidos en las normas sanitarias y debe ser destruido por la capacidad germinativa de las malas hierbas. Las aplicaciones de estiércol animal deben documentarse. Los fertilizantes químicos utilizados deben haber sido aprobados en los países de cultivo y de consumo.

Todos los fertilizantes deben aplicarse con moderación y con arreglo a las necesidades de la especie de planta medicinal en cuestión y la capacidad productiva del suelo. Los fertilizantes deben aplicarse de forma que se reduzca al mínimo la lixivación.

Los agricultores deben hacer uso de prácticas que contribuyan a la conservación del suelo y que reduzcan la erosión al mínimo, por ejemplo, mediante la creación de zonas de amortiguación en las márgenes de los ríos y la plantación de cultivos de cobertura y de «abonos verdes» (plantas cultivadas para su incorporación al suelo mediante arado), como la alfalfa.