Tout essai clinique doit être mené conformément à un protocole rédigé et approuvé préalablement à l'essai. Les protocoles les plus satisfaisants sont ceux qui ont été conçu avec la participation d'une équipe d'experts appartenant à diverses disciplines. Le protocole doit inclure la justification de l'essai et définir clairement la question à laquelle l'essai est censé trouver réponse. La population étudiée doit aussi être clairement définie, y compris les critères d'inclusion et d'exclusion, ainsi que les procédés qui seront utilisés pour recruter les participants et les répartir dans les différents protocoles de traitement. Les patients retenus doivent avoir une infection à VIH confirmée asymptomatique ou en début de phase symptomatique; dans la plupart des cas, il convient d'exclure les enfants et les femmes enceintes ou qui allaitent. Les patients seront recrutés auprès de centres de dépistage volontaire et de dispensaires s'occupant de personnes atteintes du SIDA ou d'autres maladies sexuellement transmissibles. Il faut obtenir le consentement éclairé de chaque patient, et chaque patient doit pouvoir bénéficier, s'il le souhaite, d'un soutien psychologique. Le protocole doit définir le suivi clinique nécessaire pour détecter la toxicité et déterminer l'efficacité, et prévoir un plan pour remédier à l'éventuelle toxicité du médicament.

Il faut constituer pour chaque participant à l'étude un dossier comprenant le formulaire de consentement éclairé, les antécédents médicaux, des informations sur les traitements suivis et les rapports succincts de tous les examens et contrôles subis ainsi que les résultats des analyses de laboratoire.

L'efficacité sera jugée en fonction de critères définis tels que symptômes ou signes cliniques précis, développement de certaines infections opportunistes ou marqueurs biologiques pronostiques bien précis. On surveillera l'innocuité en fonction des symptômes ou signes en accordant une attention particulière aux critères qui peuvent signaler des formes de toxicité susceptibles d'être anticipées. Les indicateurs biologiques de toxicité hépatique, rénale, cardiaque et hématologique seront également surveillés.

L'évaluation de l'essai doit se faire à l'aide de statistiques appropriées.

Dans l'idéal, la conception de l'étude doit être en aveugle, randomisée avec placebo. Une étude croisée peut présenter des problèmes d'interprétation des résultats à la fois à cause de l'incertitude concernant la période de temps pendant laquelle le médicament agira et parce que l'état du patient peut se modifier pendant les deux phases de l'étude.

Il faut tout mettre en œuvre pour s'attaquer convenablement à la préparation, au contrôle de la qualité et à la normalisation des doses des préparations à base de plantes, et pour trouver un placebo satisfaisant.