El eventual reconocimiento retroactivo de los derechos de patente ha constituido un importante tema de controversia durante las negociaciones de TRIPs. El Acuerdo adoptó una posición negativa frente a tal reconocimiento, descartando, de esta manera las soluciones tipo «pipeline» como la propuesta por los Estados Unidos. Los artículos 70.1 y 70.3 disponen a este respecto que el Acuerdo no da origen a obligaciones por actos que ocurrieron antes de la fecha de aplicación del Acuerdo en un miembro (art. 70.1) y no obliga a restaurar la protección a la materia que para esa fecha hubiera pasado a ser del dominio público. Esto significa que las partes contratantes del Acuerdo no están obligadas a otorgar protección a invenciones que se han hecho públicas (ya sea por actos privados, por publicaciones de oficinas extranjeras de patentes o bien de otra manera) antes de esa fecha. Un punto que no está claro es si un derecho de prioridad (como el del período de un año otorgado en virtud del Convenio de París), en caso de ser disponible, podría ser aplicado en estos casos.

El artículo 70.4 confirma la aplicación del Acuerdo para el futuro; concede un trato especial a actos que hubieren dado lugar a una inversión significativa antes de la ratificación del Acuerdo por la parte contratante. En estos casos, la parte debe contemplar el pago de una «remuneración equitativa» para el titular, pero puede excluir o limitar la aplicabilidad de otros recursos (p. ej.: interrupción del uso o de la venta de un producto protegido). Sin duda alguna corresponderá a las autoridades nacionales interpretar el significado de qué es una «inversión significativa» y una «remuneración equitativa» lo que, en todo caso, estará sujeto a un examen judicial (art. 41.2). Está claro que la importancia de una inversión debe ser definida a la luz de factores tales como el tamaño de la empresa en cuestión, el tipo de producto y las facilidades de producción requeridas, así como el costo de instalación o puesta en uso del producto que ha devenido protegible. Para determinar una «remuneración equitativa», debe prestarse atención, entre otros elementos, al grado de madurez de la tecnología, el monto de los costos de investigación y desarrollo amortizados y los posibles subsidios obtenidos por el titular de la patente para conducir la investigación que concluyó en la tecnología protegida.