El riego y el drenaje deben controlarse y ajustarse a las necesidades de cada especie de planta medicinal durante las diferentes etapas de crecimiento. El agua empleada en el riego debe cumplir las normas de calidad locales, regionales y nacionales. Hay que poner cuidado para asegurarse de que el riego de las plantas cultivadas no sea ni excesivo ni escaso.

Al elegir el tipo de riego, por norma general, deben estudiarse los efectos sobre la salud de las plantas de los diversos tipos diferentes de formas de riego (de superficie, subterráneo o por aspersión), sobre todo en el riesgo de que aumente la incidencia de enfermedades transmitidas por vectores.