El cultivo de plantas medicinales puede afectar al equilibrio ecológico y, particularmente, a la diversidad genética de la flora y la fauna de los hábitats del entorno. Asimismo, otras plantas, otros seres vivos y las actividades humanas pueden afectar a la calidad y el crecimiento de las plantas medicinales. La introducción, mediante el cultivo, de especies de plantas medicinales no autóctonas puede perjudicar el equilibrio biológico y ecológico de la zona. Siempre que sea viable, se recomienda realizar un seguimiento continuado de las actividades de cultivo.

Debe estudiarse el impacto social del cultivo en las comunidades locales, a fin de asegurar que no se afecta negativamente a los medios de subsistencia del lugar. Por lo que se refiere a la generación de ingresos en el ámbito local, el cultivo a pequeña escala suele ser preferible a la producción a gran escala, sobre todo si los pequeños agricultores cuentan con sistemas de organización para comercializar sus productos de forma conjunta. Si se establece o ya se ha establecido el cultivo a gran escala de plantas medicinales, deberá procurarse que las comunidades locales obtengan beneficios directos como, por ejemplo, sueldos justos, igualdad de oportunidades de empleo y reinversión del capital.