El documento se divide en cinco secciones: la sección 1 es una introducción general, las secciones 2 y 3 se refieren, respectivamente, a las buenas prácticas agrícolas relativas a las plantas medicinales y a las buenas prácticas de recolección de plantas medicinales. La sección 4 resume los aspectos técnicos comunes de las buenas prácticas agrícolas relativas a las plantas medicinales y de las buenas prácticas de recolección de plantas medicinales, mientras que la sección 5 analiza otras cuestiones de interés. La sección 1 contiene un glosario de términos relevantes utilizados en estas directrices. Existen cinco anexos, que contienen un ejemplo de ficha información sobre plantas medicinales cultivadas (anexo 5) y un modelo de contenido para monografías sobre buenas prácticas agrícolas relativas a plantas medicinales específicas (anexo 4), así como documentos nacionales y regionales sobre buenas prácticas agrícolas y de recolección de plantas medicinales, de la República Popular China (anexo 1) y el Japón (anexo 3), y de la Agencia Europea para la Evaluación de los Productos Medicinales (anexo 2).