Une fois traitées, les matières végétales médicinales doivent être conditionnées le plus rapidement possible pour empêcher le produit de se détériorer et pour le protéger contre une exposition inutile à d'éventuelles attaques de ravageurs et à d'autres sources de contamination.

Des mesures de contrôle continu de la qualité en cours de production devront être appliquées en vue d'éliminer les matières de qualité inférieure, les contaminants et les matières étrangères avant et pendant les opérations finales de conditionnement. Les matières végétales médicinales traitées devront être conditionnées dans des boîtes, sacs ou autres contenants propres et secs conformément aux modes opératoires normalisés et à la réglementation nationale et/ou régionale du pays de production et du pays de l'utilisateur. Les matériaux de conditionnement devront être non polluants, propres, secs et en bon état et être conformes aux normes de qualité pour les matières végétales médicinales concernées. Les matières végétales médicinales fragiles devront être conditionnées dans des récipients rigides. Si possible, le conditionnement utilisé fera l'objet d'un accord entre le fournisseur et l'acheteur.

Les matériaux de conditionnement réutilisables tels que sacs de jute ou de toile devront être convenablement nettoyés (désinfectés) et séchés avant d'être réutilisés, de façon à éviter toute contamination par le contenu précédent. Tous les matériaux de conditionnement devront être stockés dans un lieu propre et sec, à l'abri des ravageurs et hors de portée du bétail, des animaux domestiques et autres sources de contamination.

L'étiquette du conditionnement devra clairement indiquer le nom scientifique de la plante médicinale, la partie de la plante, le lieu d'origine (site de culture ou de récolte à l'état sauvage), la date de culture ou de récolte à l'état sauvage et le nom du cultivateur/récolteur et du transformateur, ainsi que des informations sur les quantités. L'étiquette doit également donner des informations sur le contrôle de la qualité et satisfaire aux autres exigences nationales et/ou régionales en matière d'étiquetage.

L'étiquette doit porter un numéro identifiant clairement le lot de production. Des informations complémentaires sur la production et les paramètres de qualité des matières végétales médicinales peuvent être portées sur un certificat distinct, qui sera clairement rattaché à l'emballage portant le même numéro de lot.

On tiendra un registre du conditionnement des lots, dans lequel seront mentionnés le nom du produit, le lieu d'origine, le numéro de lot, le poids, le numéro de série du conditionnement et la date. Les registres seront conservés pendant trois ans ou pendant le délai requis par l'autorité nationale et/ou régionale.