Certaines matières végétales médicinales exigent un traitement spécifique pour améliorer la pureté de la partie de la plante qui sera employée; réduire le temps de séchage; éviter les dégâts dus aux moisissures, à d'autres micro-organismes et aux insectes; détoxifier les constituants toxiques des plantes indigènes; augmenter l'efficacité thérapeutique. Les pratiques les plus couramment employées pour le traitement spécifique sont la sélection préalable des matières, l'épluchage des racines et rhizomes, l'ébullition, l'étuvage à la vapeur, le trempage, le saumurage, la distillation, la fumigation, la torréfaction, la fermentation naturelle, le traitement par la chaux et le hachage. Les procédés de traitement visant à l'obtention de certaines formes, la mise en bouquets ou en fagots et des procédés spéciaux de séchage peuvent aussi avoir un impact sur la qualité des matières végétales médicinales.

Les traitements antimicrobiens par diverses méthodes, y compris l'irradiation, appliqués aux matières végétales médicinales brutes ou traitées doivent être déclarés et les matières doivent être étiquetées en conséquence. Seul un personnel dûment qualifié et utilisant un matériel approuvé pourra effectuer ce type de traitement, en se conformant à des modes opératoires normalisés et à la réglementation nationale et/ou régionale en vigueur dans le pays de culture et de récolte et dans le pays de l'utilisateur. Les limites maximales de résidus stipulées par les autorités nationales et/ou régionales devront être respectées.