Les mesures de traitement primaire appropriées dépendent de la matière considérée. Les opérations devront être réalisées conformément aux normes de qualité et à la réglementation nationales et/ou régionales. Dans certains cas, l'acheteur peut demander que des protocoles particuliers soient observés. Ces derniers devront également satisfaire à la réglementation nationale et/ou régionale en vigueur dans le pays du producteur et dans celui de l'acheteur.

On suivra dans la mesure du possible des modes opératoires normalisés. Si on leur apporte des modifications, celles-ci devront être justifiées par des données d'essai appropriées démontrant que la qualité de la matière végétale médicinale n'est pas diminuée.

Les matières végétales médicinales récoltées à l'état sauvage ou après culture doivent être déchargées et déballées sans délai dès leur arrivée à l'installation de traitement. Avant le traitement, elles devront être protégées contre la pluie, l'humidité et toutes autres conditions pouvant entraîner une détérioration. Elles ne doivent être exposées à la lumière solaire directe que lorsque ce mode de séchage est spécifié.

Les matières végétales médicinales qui doivent être utilisées à l'état frais devront être récoltées et livrées le plus rapidement possible à l'installation de traitement afin d'éviter toute fermentation microbienne et toute dégradation due à la chaleur. Elles peuvent être conservées sous réfrigération, dans des bocaux, dans des caisses emplies de sable ou au moyen de techniques enzymatiques et autres techniques appropriées, immédiatement après la récolte et pendant le transport jusqu'à l'utilisateur. On évitera l'emploi de conservateurs. Si ce n'est pas possible, on respectera la réglementation nationale et/ou régionale applicable à ces produits dans le pays du cultivateur/récolteur et celui de l'utilisateur.

Toutes les matières végétales médicinales devront être inspectées pendant les diverses étapes du traitement primaire et tout produit de qualité inférieure ou matière étrangère sera éliminé mécaniquement ou manuellement. Par exemple, on inspectera, tamisera ou vannera les matières végétales médicinales séchées pour éliminer celles qui sont tachées, moisies ou endommagées ainsi que la terre, les cailloux et autres matières étrangères. Les dispositifs mécaniques tels que les tamis devront être régulièrement nettoyés et entretenus.

Après traitement, toutes les matières végétales médicinales devront être protégées contre la contamination et la décomposition ainsi que contre les insectes, rongeurs, oiseaux et autres nuisibles et contre le bétail et les animaux domestiques.