La culture de plantes médicinales peut affecter l'équilibre écologique et en particulier la diversité génétique de la flore et de la faune des habitats environnants. La qualité et le développement des plantes médicinales peuvent à leur tour être affectés par les autres plantes, les autres êtres vivants et les activités humaines. L'introduction d'espèces non indigènes de plantes médicinales sous forme de cultures peut avoir un impact défavorable sur l'équilibre biologique et écologique de la région. Là où cela est réalisable, l'impact écologique des activités culturales devra être surveillé dans le temps.

L'impact social des cultures sur les communautés locales devra être examiné afin d'assurer que tout impact négatif sur la qualité de vie des populations locales est évité. Du point de vue des possibilités de revenus, la culture à petite échelle est souvent préférable à la production à grande échelle, surtout si les petits agriculteurs se regroupent pour commercialiser leurs produits. Si la culture de plantes médicinales à grande échelle est déjà établie, il faudra veiller à ce que les communautés locales en bénéficient directement, par exemple par des salaires et des possibilités d'emploi équitables, et par un réinvestissement des bénéfices.