Entre des mains compétentes, l'acupuncture est une procédure généralement sûre avec peu de contre-indications ou de complications. Sous sa forme la plus couramment utilisée, elle implique de faire pénétrer des aiguilles dans la peau et elle peut être comparée à une injection sous-cutanée ou intramusculaire. Néanmoins, le risque potentiel, si minime soit-il, de transmettre une infection d'un patient à un autre (p.ex. à VIH ou hépatite) ou d'introduire des organismes pathogènes existe toujours. La sécurité dans la pratique de l'acupuncture réclame donc une vigilance constante pour maintenir des normes élevées de propreté, de stérilisation et de technique aseptique.

Il existe en outre d'autres risques imprévisibles et inévitables, mais auxquels l'acupuncteur doit être préparé. Ces risques comprennent: les aiguilles cassées, les réactions contraires, la douleur ou l'inconfort, les blessures accidentelles d'organes importants et, bien sûr, certain risques associés aux autres formes de thérapies⁵ classées sous le nom "acupuncture".

⁵ Le traitement par acupuncture n'est pas limité à l'utilisation d'aiguilles, mais peut aussi inclure : la digitopression, l'électro-acupunture, l'acupuncture laser, la moxibustion, les ventouses, le raclage et la magnétothérapie.

Enfin, il y a des risques liés à une formation insuffisante de l'acupuncteur. Ceux-ci comprennent la mauvaise sélection des patients, les erreurs techniques, et l'incapacité à reconnaître les contre-indications et les complications ou à traiter les urgences quand elles surviennent.