Le point de départ de la conception d'un protocole de recherche est un examen complet de la documentation, y compris l'utilisation traditionnelle de la pratique en question et la recherche scientifique menée dans ce domaine. Si la documentation est insuffisante ou inexistante, il faudra clairement faire état de la tradition orale et de la source de cette information.

L'analyse documentaire doit permettre d'apprendre le niveau actuel de preuve de l'efficacité et de l'innocuité de l'intervention proposée. L'évaluation de la documentation doit se conformer à des lignes directrices bien établies et admises (voir section 1.3). Toutefois, la méta-analyse en médecine traditionnelle peut s'avérer difficile du fait surtout du manque d'essais cliniques de grande envergure et de bonne qualité. En outre, l'efficacité d'un traitement particulier peut varier, car elle est fonction de la compétence et de l'expérience du praticien. Ces facteurs doivent être pris en considération et gardés présents à l'esprit.