La Pharmacie Centrale de Tunisie (PCT) est la structure fondamentale du système d'approvisionnement. A l'origine de la PCT, il y avait un simple dépôt créé en 1938 par arrêté à l'Hôpital Civil Français (Hôpital Charles Nicolle aujourd'hui) sous le nom de Pharmacie Centrale des Hôpitaux de Tunisie. Puis cet organisme prit la dénomination de Pharmacie Centrale de Tunisie en 1958. Face aux problèmes importants de disponibilité des médicaments rencontrés à la fin des années 1950 (difficultés d'approvisionnement avec nombreuses ruptures de stock et répartition géographique des pharmacies très inégalitaire), la PCT se vit rapidement confier les principales missions suivantes:

- Garantir l'accessibilité géographique: dès 1957, des dépôts de médicaments appelés "agences pharmaceutiques" ont été ouverts dans les villes et les localités dépourvues de pharmacies d'officine. Ces agences qui ne jouissaient pas du droit d'exclusivité, ont progressivement été éliminées suite à l'ouverture de pharmacies d'officine privées dans les localités concernées. A l'heure actuelle, seules sept agences situées dans des régions particulièrement reculées n'ont pas été reprises par le secteur pharmaceutique privé en raison de leur non-rentabilité financière. Les habitants de ces régions bénéficient ainsi toujours de ces points de dispensation de médicaments.

- Assurer l'importation de tous les médicaments: la centralisation, au niveau de la PCT, de l'importation des médicaments destinés tant au secteur public qu'au secteur privé, constitue une spécificité essentielle du système pharmaceutique tunisien.

L'Institut Pasteur de Tunis (IPT). Cette structure est responsable de l'importation des vaccins, sérums, allergènes et autres produits biologiques. Ses prérogatives en la matière sont similaires à celles de la PCT, mais son volant d'activités est moindre.