Una premisa básica para la aplicación el artículo 39.3 es que los datos de prueba sólo deben protegerse si las autoridades nacionales imponen la obligación de presentarlos como condición para obtener la aprobación de comercialización para productos farmacéuticos y agroquímicos. La primera oración de este artículo estipula que:

"Los Miembros, cuando exijan como condición para aprobar la comercialización..."

Debido a la territorialidad del sistema de propiedad intelectual - una característica que el Acuerdo TRIPS no ha alterado - la obligación de proteger los datos de prueba sólo surge en el caso de los países Miembros cuya reglamentación nacional exija la presentación de tales datos. Por lo tanto, si un país Miembro opta por no exigir aquellos datos, el artículo 39.3 no tendría aplicación.

Además la presentación de los datos debe ser condición necesaria para obtener la aprobación. Esto significa que los datos presentados voluntariamente por un solicitante, o aquellos que excedan los requeridos para la aprobación, no están sujetos a la protección del artículo 39.3.