En la mayoría de los casos, los productos farmacéuticos están protegidos por una patente para el principio activo (patente principal) y por varias patentes para las formulaciones, los procesos de fabricación, las nuevas indicaciones, etc. (patentes secundarias). Todas esas patentes se deben identificar e incluir en la licencia obligatoria, según proceda, para poder así manejar con autonomía el producto necesario. De lo contrario, el uso del invento en el marco de la licencia obligatoria puede verse perturbado o bloqueado por acusaciones de infracción de patentes secundarias (como ilustra el caso bien documentado del producto ddI en Tailandia).