Dans la plupart des cas les produits pharmaceutiques sont protégés par un brevet sur le principe actif (le brevet principal) et par un certain nombre de brevets sur les formulations, les procédés de fabrication, les nouvelles indications, etc. (brevets secondaires). Tous ces brevets devraient être identifiés et inclus dans la licence obligatoire, selon les besoins, pour permettre d'opérer en toute liberté avec les produits requis. Autrement, l'utilisation de l'invention sous la licence obligatoire pourrait être perturbée ou bloquée sur la base d'allégations de violation de brevets secondaires (comme l'illustre le cas bien connu de ddI en Thaïlande).