Le récipient utilisé pour conserver un échantillon ne doit pas interagir avec le matériel échantillonné ni permettre sa contamination. Il doit également protéger l'échantillon de la lumière, de l'air, de l'humidité, etc., selon les indications de stockage pour le produit en question. D'une façon générale, le récipient devra être scellé et à l'épreuve de toute ouverture frauduleuse. Le récipient doit être convenablement étiqueté.

Les échantillons de matériel en vrac, qu'ils soient solides ou liquides, devront être introduits dans un ou plusieurs récipients propres. Les échantillons liquides devront être transportés dans des flacons en verre fermés par des bouchons à vis doublés d'un matériau inerte offrant une bonne étanchéité à la vapeur et à l'humidité. Pour les substances solides ou pâteuses, des flacons en verre à bouchon à vis sont également préférables, mais on peut utiliser des bidons métalliques s'il n'y a pas de risque d'interaction chimique. Dans ce cas, le couvercle sera fixé par du ruban adhésif. L'emploi de récipients en plastique est déconseillé. Les substances sensibles à la lumière seront protégées par des récipients en verre jaune ou en enveloppant les récipients en verre blanc dans du papier noir.

Les formes pharmaceutiques solides, par exemple les comprimés ou les granulés, devront être protégées au cours du transport, soit en remplissant complètement le récipient avec le produit, soit en remplissant l'espace restant avec un matériau approprié. Tous les récipients devront être scellés et étiquetés et tous les échantillons d'une unité d'échantillonnage d'un même arrivage devront être transportés dans une boîte fermée unique convenablement emballée afin d'éviter les dégâts pendant le transport.

Tous les récipients en deux parties (par exemple flacons à bouchon à vis, bidons métalliques avec couvercle séparé) devront être étiquetés sur chaque partie afin d'éviter toute contamination croisée lors de leur ouverture pour examen.

Si un échantillon est réparti dans plusieurs récipients, ceux-ci doivent être transportés dans une boîte unique, fermée hermétiquement et portant une étiquette sur laquelle on inscrira le nom du produit, l'arrivage d'où l'échantillon a été tiré, la taille de l'échantillon, le lieu et la date de l'échantillonnage et le nom de l'inspecteur. Si la totalité de l'échantillon se trouve dans un récipient déjà muni d'une fermeture de sécurité, l'étiquette portant les renseignements nécessaires peut être fixée directement sur le récipient.

Les salles dans lesquelles les échantillons sont conservés doivent répondre aux normes de sécurité et offrir des conditions de stockage appropriées.

On devra également assurer la supervision de tout le processus d'échantillonnage.