Pour diverses raisons pratiques, il peut être souhaitable d'établir des substances de référence étalonnées par rapport aux substances chimiques internationales de référence, par exemple lorsque celles-ci ne peuvent être délivrées en quantité suffisante pour répondre à tous les besoins locaux. En outre, si l'on disposait de telles substances de référence, par exemple sur une base régionale, le délai entre la commande et la réception pourrait être raccourci.

L'autorité à laquelle il incombe d'établir une substance de référence pour l'usage national ou régional doit être clairement définie par les autorités pharmaceutiques appropriées. S'il existe une substance chimique internationale de référence, il serait souhaitable d'établir une corrélation entre elle et toute substance de référence correspondante afin d'empêcher la prolifération éventuelle de substances de référence dissemblables. La première chose à faire pour établir une telle substance secondaire serait d'estimer la quantité qui pourrait être nécessaire pendant une période de trois à cinq ans par exemple (la durée du stockage dépendrait des caractéristiques de stabilité connues de la substance en question), de définir l'usage auquel est destinée cette substance et de déterminer l'importance et la nature des épreuves nécessaires pour l'évaluer.

Une fois la substance obtenue, il faut tout d'abord vérifier son identité (par exemple en la comparant avec la substance chimique internationale de référence par spectrophotométrie infrarouge), puis la soumettre à une méthode appropriée de détermination de la stabilité afin d'obtenir un point de référence pour la surveillance systématique de la conservation. Si cette substance doit être utilisée comme étalon dans des dosages, elle devra être soumise, de même que la substance chimique internationale de référence, à une étude collective effectuée selon un protocole rigoureusement défini par au moins trois laboratoires participants. Les résultats obtenus permettront d'établir la teneur du composant dosé. En outre, il faudra démontrer que la substance répond à toutes les normes de sa spécification et confirmer qu'elle convient à l'usage auquel elle est destinée.

Une fois établie, cette substance sera conditionnée d'une manière appropriée (aussi proche que possible de celle qui a été utilisée pour la substance chimique internationale de référence correspondante) et on l'examinera régulièrement, par comparaison avec la substance de référence primaire, pour vérifier qu'aucune détérioration inacceptable ne se produit.