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Title: Molecular epidemiology and evolution of A[H1N1] pdm09 and H3N2 viruses in Jordan, 2011-2013
Authors: El Shesheny, R.
Halasa, N.B.
Williams, J.V.
Shehabi, A.A.
Faouri, S.
Kayali, G.
Khuri Bulos, N.
Issue Date: Jul-2016
Publisher: World Health Organization. Regional Office for the Eastern Mediterranean
Journal: EMHJ-Eastern Mediterranean Health Journal, 22 (7): 490-498
Place of publication: Cairo
Language: English
Abstract: Understanding the genetic evolution of A [H1N1]pdm09 and H3N2 viruses can help better select strains to be included in the annual influenza vaccine. There is little information on their evolution in Jordan so this study investigated the genetic and antigenic variability of A[H1N1]pdm09 and H3N2 viruses in Jordan by performing phylogenetic and genetic analyses of the HA and NA genes of A[H1N1]pdm09 and H3N2 viruses between 2011 and 2013. The full HA and NA genes of 16 H1N1-positive samples obtained in our study and 21 published HA sequences and 20 published NA sequences from Jordanian viruses that were available on online gene databases were analysed. For H3N2, we generated 20 HA and 19 NA sequences and included 19 published HA and NA sequences each in the analysis. Jordanian H1N1 viruses had mutations that are characteristic of antigenic group 6 while H3N2 virus mutations belonged to group 3. No markers of resistance to oseltamivir were detected. The individual mutations are described in detail
La compréhension de l'évolution génétique des virus A[H1N1]pdm09 et H3N2 permet de mieux sélectionner les souches devant être ajoutées au vaccin antigrippal annuel. Peu de renseignements sont disponibles sur les mutations des virus saisonniers de la grippe A[H1N1]pdm09 et H3N2 en Jordanie. Afin de remédier à ce problème et d'étudier les variations génétiques et antigéniques des virus A[H1N1]pdm09 et H3N2, nous avons procédé à des analyses génétiques et phylogénétiques des gènes de l'hémagglutinine [HA] et de la neuraminidase [NA] de ces virus, sur la période 2011-2013 en Jordanie. L'analyse a porté sur les séquences complètes des gènes de l'HA et de la NA de 16 échantillons positifs au virus H1N1 prélevés dans le cadre de cette étude, ainsi que sur 21 séquences publiées de l'HA et 20 séquences publiées de la NA, issues de virus jordaniens disponibles sur les bases de données de gènes en ligne. Pour le virus H3N2, nous avons généré 20 séquences de l'HA et 19 de la NA, et avons également inclus dans l'analyse 19 séquences publiées de l'HA et 19 de la NA. Les virus H1N1 jordaniens présentaient des mutations caractéristiques du groupe antigénique 6, tandis que les virus H3N2 appartenaient au groupe 3. Aucun marqueur de résistance à l'oseltamivir n'a été détecté. Les mutations individuelles sont décrites en detail
Keywords: Communicable Diseases
Subject: Influenza A Virus, H1N1 Subtype
Influenza A Virus, H3N2 Subtype
Influenza Vaccines
Databases, Genetic
Prospective Studies
Cohort Studies
Polymerase Chain Reaction
Context: genetics
therapeutic use
ISSN: 1020-3397
Appears in Collections:EMRO Journal Articles (EMHJ)

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